جوانه خراسان در انتخاب مواد اولیه با گرید انسانی (Food Grade) که فاقد فلزات سنگین هستند در تولید مکمل‌های دام و طیور تأکید ویژه دارد و در صورت نبود منابع اولیه دارای گرید انسانی، از منابع دارای گرید خوراک دام (Feed Grade) با کمترین میزان فلزات سنگین استفاده می‌کند. اندازه‌گیری دقیق میزان فلزات سنگین نمونه‌های منابع اولیه قبل از خرید توسط امکانات دقیق آزمایشگاهی انجام می‌پذیرد و منابع بدون فلزات سنگین انتخاب می‌گردد. استفاده از منوکلسیم‌فسفات با گرید انسانی به جای دی‌کلسیم‌فسفات در ترکیب مکمل‌های دام و طیور یکی از اقدامات مهم در این زمینه است.
استفاده از سطوح فسفر پائین در جیره و همچنین استفاده از منابعی که دارای قابلیت دسترسی بالای فسفر برای حیوان هستند (حتی منابع فسفر با کیفیت خارجی)، از مهمترین اقدامات جوانه خراسان است. زیرا فسفر آلودگی زیست محیطی فراوانی ایجاد می‌کند. با توجه به وفور تنوع مواد معدنی و با کیفیت‌های مختلف، انتخاب مواد معدنی هدف، بسیار دشوار است. استفاده از منابع اولیه معدنی-آلی و با گرید انسانی در تولید نمک‌های آنیونی کاهش آلودگی زیست محیطی، حفظ اکوسیستم شکمبه و حفظ سلامت دستگاه گوارشی دام را فراهم می‌نماید.
جمع‌آوری ضایعات تولید شده در کارخانه که شامل (کارتن، پاکت مواد اولیه و پاکت‌های آسیب دیده محصول، نایلون و …) هستند و طبقه‌بندی آنها جهت تحویل به شرکت‌های بازیافت مواد از مهمترین اقدامات جهت حفظ محیط زیست است.
با توجه به اینکه در خط تولید مکمل‌های معدنی و ویتامینی، گرد و غبار زیادی تولید شده که سبب آلودگی هوا می شود و می‌تواند بر سلامت دستگاه تنفس و پوست کارکنان اثرات سوء بگذارد، استفاده از سیستم گردش هوا و تصفیه ذرات گرد و غبار هوا در خط تولید از مهمترین اقدامات جهت حذف آلودگی هوا است و همچنین غبارات به دام افتاده در فیلترها بعد از تصفیه هوا گاهی به عنوان کریر استفاده می‌شوند.